Existen áreas en Xel-Há aún sin explorar salvo por pocos buzos y científicos. Xel-Há forma parte del enorme sistema anquihalino de la Península de Yucatán, la evidencia geográfica del impacto de meteoro que extinguió a los dinosaurios hace 65 millones de años. Este sistema se conforma por una serie de lagunas interconectadas, cuevas acuáticas y ríos, muchos que alcanzan cientos de metros de profundidad y muchos miles de longitud.

Un sistema de cuevas subacuáticas poco explorado yace bajo la Laguna Negra de Xel-Há. Esta laguna mide aproximadamente 110 metros de largo y hasta 30 metros de ancho; el magnífico escenario para otra de las aventuras de Xel-Há –los kayaks.