La Caleta Xel-Há difiere de la mayoría de las caletas en no sólo tratarse de una entrada del mar hacia el interior del continente, sino que también es un desembocamiento de varios canales de agua dulce hacia el mar. Las arenas blancas y aguas brillantes de Xel-Há y la Riviera Maya son consecuencia de la erosión de arrecifes corales de la Península de Yucatán a través de miles y miles de años.

Xel-Há es hogar de más de 70 especies de peces marinos y de agua dulce, incluyendo rubia, pez lora, cirujano, jurel, sargento mayor, chacchi, pargo, macabi, rayas, chopa, y una que otra barracuda. El caracol rosa, una especie protegida, habita la Caleta Xel-Há bajo un monitoreo cuidadoso. Visitas ocasionales a la Caleta incluyen tortugas marinas y manatíes.