Una pequeña desviación desde los senderos de la selva llevan a la Gruta El Dorado, que posee una formación única en su piedra caliza: un testimonio de las fuerzas geológicas inmensamente antiguas que le dieron forma a la Península de Yucatán. Se piensa que en un momento de su historia, la totalidad de la península se conformaba de arrecife coral, completamente sumergida en el oceano.

El Dorado corrobora esta teoría, con sus paredes repletas de fósiles de moluscos extintos y otros especímenes prehistóricos. Una pequeña laguna yace en el fondo, apenas mostrando la entrada hacia el abismo, hace la inmensa red de ríos subterráneos interconectados bajo Xel-Há.